جامعہ کے شعبہ جات میں ایک اہم ترین شعبہ’’ محکمہ ٔ شرعیہ‘‘ ( دار القضاء ) ہے،روزِ اول سے ہی بحمد اللہ تعالی جامعہ میں مسلمانوں کے آپسی تنازعات اور اختلافی قضیوں کے فیصلے ،اور اصلاح ذات البین کی مہتم بالشان خدمت انجام دی جاتی رہی ہے۔مگر اس خدمت کی لیے باضابطہ مستقل شعبہ قائم نہ تھا ،دار الافتاء کی ماتحتی میں مفتیانِ عظام واساتذہ ٔ جامعہ حسبِ موقع و ضرورت یہ خدمت انجام دیاکرتے تھے۔

پھرپیش آئندہ مقدمات کی بڑھتی ہوئی تعداد کے پیش ِ نظر ۱۴۲۲ ھ مطابق ۲۰۰۱ء میں مستقل باقاعدہ ’’ محکمہ ٔ شرعیہ‘‘ /’’ دار القضاء ‘‘ کا قیام عمل میں آیا،جو تا ہنوز بفضل اللہ جاری ہے۔