جامعہ کا علمی کتب خانہ بفضلہ تعالیٰ ملک کے ممتاز ترین علمی کتب خانوں میں سے ایک ہے؛بلکہ اسلامی علوم کے بارے میں یہ ملک کا ایسا جامع ترین کتب خانہ ہے جس میں مختلف فنون؛ تفسیر ،حدیث، تاریخ، تصوف، لغت وغیرہ کی تقریبًا چالیس ہزار(۴۰۰۰۰)سے زائد کتابوں کا وقیع ذخیرہ موجود ہے۔

یہ کتب خانہ قدیم ونایاب کتب کی وجہ سے تحقیقی ذوق رکھنے والے اہلِ علم کا مرجع رہا اور متعدد صاحبِ تصنیف حضرات نے اس کو سراہا ہے۔ان کتابوں سے طلبہ و اساتذۂ جامعہ اور دیگر اہلِ علم وقتًا فوقتًا استفادہ کرتے رہتے ہیں۔اس میں چند نایاب مخطوطے (ہاتھ سے تحریر کردہ کتابیں)بھی موجود ہیں۔